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李准基1982年4月17日出生在韩国釜山昌原。小时候在父亲的引导下开始学习跆拳道，青少年时期曾作为釜山跆拳道代表参加比赛。中学就读于昌原半松中学，后考入庆一高等学校读高中，并加入学校广播部和舞蹈团体中心。高二时，李准基和同学在一次偶然的机会里去看了话剧《哈姆雷特》，开始渴望成为一名演员。高三时，李准基决定到首尔报考艺术学校，实现自己的演员梦想，但是遭到父亲的反对。李准基带着在食堂打工半年多筹到的30万韩元来到首尔，他一边学习一边工作，做过服务生，在加油站、台球室等地方打过杂。2002年，李准基考入首尔艺术大学电影系，随后不断参加各种试镜。2006年，李准基获得学校全额奖学金。